Perbedaan utama antara cisgenesis dan intragenesis adalah bahwa dalam cisgenesis, gen diperkenalkan tanpa melakukan perubahan apa pun pada urutan DNA, dan gen memiliki rangkaian promotor, intron, dan terminator aslinya sedangkan dalam intragenesis, gen dapat dirancang menggunakan elemen genetik dari tanaman lain. dengan kumpulan gen yang sama secara seksual.
Transgenesis adalah modifikasi genetik pada tumbuhan penerima dengan gen dari organisme non tumbuhan, atau dari tumbuhan pendonor yang secara seksual tidak sesuai dengan tumbuhan penerima. Cisgenesis dan intragenesis adalah dua konsep alternatif untuk transgenesis. Keduanya terjadi di antara spesies yang dapat disilangkan. Cisgenesis mengacu pada modifikasi genetik tanaman penerima dengan gen alami dari tanaman yang cocok secara seksual. Intragenesis, sebaliknya, memungkinkan penggunaan kombinasi gen baru yang dibuat oleh penataan ulang elemen genetik fungsional secara in vitro. Namun, kedua konsep tersebut didasarkan pada penggunaan gen dari spesies yang sama atau spesies yang berkerabat dekat yang cocok secara seksual. Karenanya, intragenesis dan cisgenesis identik dengan kumpulan gen yang tersedia untuk pemuliaan konvensional.
