Perbedaan utama antara homodimer dan heterodimer adalah bahwa homodimer adalah protein yang terbuat dari dua protein identik, sedangkan heterodimer adalah protein yang terbuat dari dua protein berbeda.
Protein adalah biomolekul yang tersusun dari rantai asam amino. Protein dimer adalah struktur protein kuaterner yang terbentuk dari penyatuan dua monomer protein atau dua rantai asam amino. Umumnya, mereka terikat satu sama lain melalui ikatan non-kovalen. Dimer protein adalah homodimer atau heterodimer. Homodimer memiliki dua protein identik yang terikat secara non-kovalen. Heterodimer memiliki dua protein berbeda yang terikat bersama. Interaksi dimer protein ini penting dalam regulasi dan katalisis.