Perbedaan utama antara pasangan basa Watson dan Crick dan Hoogsteen adalah bahwa pasangan basa Watson dan Crick adalah cara standar yang menggambarkan pembentukan pasangan basa antara purin dan pirimidin. Sedangkan pasangan basa Hoogsteen merupakan salah satu alternatif pembentukan pasangan basa dimana purin mengambil konformasi yang berbeda terhadap pirimidin.
Nukleotida memiliki tiga komponen: basa nitrogen, gula pentosa, dan gugus fosfat. Ada lima basa nitrogen berbeda dan dua gula pentosa yang terlibat dalam struktur DNA dan RNA. Ketika nukleotida ini membentuk urutan nukleotida, basa komplementer, baik purin atau pirimidin, membentuk ikatan hidrogen di antara keduanya. Ini dikenal sebagai pasangan basa. Oleh karena itu, pasangan basa dibentuk dengan menggabungkan dua basa nitrogen dengan ikatan hidrogen. Pasangan basa Watson dan Crick adalah pendekatan klasik atau standar, sedangkan pasangan basa Hoogsteen adalah cara alternatif untuk membentuk pasangan basa.
