Perbedaan utama antara auksotrof dan prototrof adalah bahwa auksotrof adalah mikroorganisme mutan yang telah kehilangan kemampuan untuk menghasilkan senyawa organik tertentu yang diperlukan untuk pertumbuhannya sementara prototrof adalah mikroorganisme tipe liar yang mampu menghasilkan semua senyawa organik yang dibutuhkan.
Mikroorganisme menunjukkan mode nutrisi yang berbeda. Secara khusus, bakteri memiliki kemampuan yang berbeda. Beberapa bakteri mampu berfotosintesis dan menghasilkan makanannya sendiri sementara beberapa bakteri hidup dalam hubungan simbiosis dengan organisme inangnya dan memperoleh nutrisi. Selain itu, beberapa bakteri mendegradasi bahan organik dan memperoleh nutrisi. Auksotrof dan prototrof adalah dua kelompok mikroorganisme yang berbeda berdasarkan kemampuannya menghasilkan senyawa organik untuk pertumbuhannya. Prototrof dapat mensintesis semua senyawa organik yang diperlukan untuk pertumbuhannya sementara autotrof tidak dapat menghasilkan senyawa organik tertentu yang penting untuk pertumbuhannya karena mutasi.
