Perbedaan utama antara antigen O dan H adalah bahwa antigen O adalah bagian terluar dari penutup permukaan bakteri sedangkan antigen H adalah struktur tipis seperti benang yang merupakan bagian dari flagela.
Antigen adalah tempat pengenalan molekuler yang terdapat pada banyak bakteri, jamur, virus, partikel debu, dan partikel seluler dan non-seluler lainnya yang dapat dikenali oleh sistem kekebalan tubuh. Umumnya, sebagian besar antigen ada di permukaan sel. Secara struktural, antigen dapat berupa protein, asam amino, lipid, glikolipid atau glikoprotein atau penanda asam nukleat. Molekul-molekul ini memiliki kemampuan khusus untuk menghasilkan respons imun pada inang. Respon imun ini terjadi dengan memicu produksi antibodi sebagai hasil yang sesuai.
Antigen umumnya digunakan dalam sistem identifikasi serotipe untuk bakteri. Salmonella merupakan genus bakteri yang memiliki banyak serotipe. Serotipe adalah kelompok mikroorganisme dalam spesies yang sama. Serotipe ini dapat dibedakan dengan menggunakan kombinasi antigen O dan antigen H. Antigen O adalah rantai samping LPS sedangkan antigen H adalah bagian dari flagela.
