Perbedaan utama antara ekspresi gen dan regulasi gen adalah bahwa ekspresi gen adalah proses yang menghasilkan protein fungsional atau RNA dari informasi genetik yang tersembunyi dalam gen sedangkan regulasi gen adalah proses yang menginduksi atau menekan ekspresi gen.
Gen adalah fragmen DNA spesifik yang terletak di kromosom. Ini terdiri dari intron, yang merupakan urutan non-coding, dan ekson, yang merupakan urutan pengkodean. Gen mengalami ekspresi melalui dua langkah utama untuk menghasilkan protein. Urutan spesifik nukleotida menentukan protein yang dihasilkan. Oleh karena itu, sangat penting untuk mengekspresikan dan mengatur gen untuk mencegah produksi protein yang tidak perlu yang dapat menyebabkan berbagai masalah termasuk kelainan genetik, sindrom, dll. Oleh karena itu, ekspresi gen dan regulasi gen adalah dua proses yang sangat penting yang terjadi pada organisme hidup. Namun, tidak satu pun dari proses ini berlangsung secara terpisah; kedua proses terjadi secara bersamaan.