Perbedaan utama antara nefridia dan tubulus malpighian bergantung pada kemunculannya pada organisme. Nefridia terdapat pada organisme tingkat rendah seperti cacing dan moluska, sedangkan tubulus malpighi terdapat di daerah posterior serangga dan artropoda darat.
Ekskresi merupakan aspek penting dari organisme hidup. Jalur metabolisme menghasilkan berbagai produk ekskresi sebagai produk sampingan. Namun, akumulasi limbah dalam sistem tubuh makhluk hidup bersifat toksik dan berbahaya. Oleh karena itu, keberadaan mekanisme pembuangan sisa metabolisme dari tubuh melalui sistem ekskresi menjadi suatu keharusan. Oleh karena itu, berbagai jenis organ ekskresi hadir dalam berbagai kelompok organisme. Nefridia dan tubulus malpighian adalah dua contoh organ ekskresi tersebut.
