Perbedaan utama antara fagolisosom dan fagosom adalah bahwa fagolisosom adalah badan sitoplasma yang dibentuk oleh fusi fagosom dengan lisosom. Sedangkan fagosom adalah vesikel yang terbentuk di sekitar partikel yang ditelan oleh sel fagositik selama fagositosis.
Fagositosis adalah mekanisme pertahanan yang digunakan pada sel atau organisme tertentu untuk mengeluarkan partikel asing dari tubuh. Fagosit adalah sel yang melakukan fagositosis. Fagosit adalah jenis sel darah putih, terutama neutrofil, monosit, dan makrofag yang ada di dalam darah. Sel-sel ini melindungi tubuh dengan mendeteksi partikel asing seperti bakteri, racun, sel somatik yang mati dan sekarat, dll. Fagosit kemudian menelan dan menghancurkannya. Fagositosis adalah sejenis endositosis. Dengan fagositosis, partikel padat menginternalisasi ke dalam struktur yang disebut fagosom. Begitu mereka terperangkap di dalam fagosom, mereka bergabung dengan lisosom dan membentuk fagolisosom. Kemudian menggunakan enzim lisosom hidrolase, partikel di dalam fagosom didegradasi dan dihancurkan.
