Perbedaan utama antara imunofluoresensi langsung dan tidak langsung adalah bahwa imunofluoresensi langsung menggunakan satu antibodi yang bekerja melawan target yang diinginkan, sedangkan imunofluoresensi tidak langsung menggunakan dua antibodi untuk memberi label pada target yang diinginkan.
Imunofluoresensi atau pencitraan sel adalah teknik yang digunakan untuk melabeli antigen target tertentu dengan fluorofor. Di sini, fluorofor adalah senyawa kimia fluoresen yang dapat memancarkan kembali cahaya saat eksitasi cahaya. Ketika fluorofor berikatan dengan antigen target, itu memungkinkan deteksi molekul target dalam sampel. Untuk mendeskripsikannya lebih jauh, ketika antigen berikatan dengan antibodi tertentu, ia dapat dikonjugasikan dengan fluorofor. Oleh karena itu, mudah untuk mendeteksi keberadaan antigen target dalam sampel saat mengamati di bawah mikroskop fluoresensi.
Selain itu, ada dua jenis imunofluoresensi; imunofluoresensi langsung dan tidak langsung. Perbedaan antara imunofluoresensi langsung dan tidak langsung terutama terletak pada jumlah antibodi yang digunakan dan konjugasi fluorofor. Artinya, dalam imunofluoresensi langsung, fluorofor secara langsung berkonjugasi dengan antibodi primer sedangkan pada imunofluoresensi tidak langsung, fluorofor berkonjugasi dengan antibodi sekunder.
