Perbedaan utama antara ectomycorrhizae dan endomycorrhizae adalah bahwa hifa jamur tidak menembus ke dalam sel kortikal akar tanaman di ektomikoriza sementara hifa jamur menembus ke dalam sel kortikal akar tanaman di endomikoriza.
Mikoriza merupakan hubungan simbiosis penting yang terjadi antara jamur dan akar tumbuhan tingkat tinggi. Baik jamur dan tumbuhan menerima manfaat dari asosiasi ini. Hifa jamur menembus ke dalam tanah dan membawa nutrisi ke tanaman sedangkan tanaman juga memberikan manfaat bagi jamur. Oleh karena itu, ini adalah hubungan yang penting secara ekologis. Yang terpenting, hifa jamur dapat tumbuh beberapa meter dan mengangkut air dan nutrisi, terutama nitrogen, fosfor, kalium ke akar. Selain itu, asosiasi mikoriza melindungi tanaman dari patogen akar. Oleh karena itu, gejala kekurangan unsur hara lebih kecil kemungkinannya untuk terjadi pada tanaman yang termasuk dalam asosiasi simbiosis ini. Ada dua jenis mikoriza yaitu ektomikoriza dan endomikoriza.
