Perbedaan utama antara kodon start dan kodon stop adalah bahwa kodon start adalah urutan trinukleotida yang menandai permulaan urutan yang diterjemahkan menjadi protein sementara kodon stop adalah urutan trinukleotida yang menandai akhir urutan yang diterjemahkan menjadi protein.
Kode genetik suatu gen berisi instruksi yang diperlukan untuk membuat protein tertentu. Ini berisi urutan trinukleotida yang dikenal sebagai kodon. Setiap kodon menentukan asam amino. Asam amino adalah bahan penyusun protein. Kode genetik setiap gen dimulai dengan kodon start dan diakhiri dengan kodon stop. Oleh karena itu, kodon mulai menandai situs di mana penerjemahan menjadi protein dimulai. Sebaliknya, hentikan kodon menandai situs di mana terjemahan menjadi protein berakhir. Oleh karena itu, kita dapat mengidentifikasi kedua kodon ini sebagai dua tanda baca dalam kode genetik. Keduanya adalah urutan trinukleotida spesifik.
