Perbedaan utama antara hibrida DNA-RNA dan dsDNA adalah bahwa hibrida DNA-RNA adalah nukleotida untai ganda yang terdiri dari satu untai DNA dan satu untai RNA komplementer sementara dsDNA adalah DNA untai ganda yang terdiri dari dua untai DNA pelengkap.
Dalam keadaan aslinya, DNA beruntai ganda. Ia memiliki dua untai DNA pelengkap yang terikat melalui ikatan hidrogen. RNA beruntai tunggal dalam struktur aslinya. Dalam beberapa kasus, RNA membentuk dupleks dengan DNA. Mereka dikenal sebagai hibrida DNA-RNA. Mereka terutama terbentuk selama transkripsi dan perkalian virus RNA onkogenik. Dibandingkan dengan dsDNA, hibrida DNA-RNA lebih stabil.
