Perbedaan utama antara UTR dan intron adalah bahwa UTR adalah urutan nukleotida non-coding yang termasuk dalam urutan mRNA dewasa sedangkan intron adalah urutan yang tidak termasuk dalam molekul mRNA dewasa.
UTR atau wilayah yang tidak diterjemahkan adalah urutan non-coding yang ditemukan di molekul mRNA. Di setiap sisi urutan mRNA, kita dapat melihat satu UTR. Oleh karena itu, ada dua UTR sebagai 5'UTR dan 3'UTR. Sebaliknya, intron adalah urutan non-coding yang ditemukan di antara ekson gen. Intron disambung saat membuat mRNA. Oleh karena itu, intron tidak terlihat dalam urutan mRNA. Namun, UTR dan intron adalah elemen penting dari genom eukariotik.
