Perbedaan utama antara sumur agar dan metode difusi cakram adalah bahwa dalam metode difusi sumur agar, larutan ekstrak dimasukkan ke dalam lubang atau sumur yang dibuat pada media agar-agar, sedangkan dalam metode difusi cakram agar, cakram kertas saring berisi larutan uji. ditempatkan pada permukaan agar-agar.
Mikroorganisme adalah agen dari banyak penyakit. Ada berbagai agen antimikroba yang membunuh mikroorganisme dan menghambat atau menghentikan pertumbuhannya. Berbagai metode skrining dan evaluasi tersedia untuk mendeteksi aktivitas antimikroba. Diantaranya, metode difusi sumur agar dan metode difusi cakram agar merupakan metode yang umum digunakan dalam analisis in vitro, yaitu metode difusi agar. Metode ini banyak digunakan karena tidak memerlukan peralatan khusus dan evaluasi lebih lanjut untuk reproduktifitas dan standarisasi. Kedua metode tersebut bergantung pada difusi agen antimikroba melalui media agar-agar.
