Perbedaan utama antara kesamaan dan identitas dalam penyelarasan urutan adalah kesamaan adalah kemiripan (kemiripan) antara dua urutan dalam perbandingan sedangkan identitas adalah jumlah karakter yang cocok persis antara dua urutan yang berbeda.
Bioinformatika adalah bidang ilmu interdisipliner yang terutama melibatkan biologi molekuler dan genetika, ilmu komputer, matematika, dan statistik. Penyelarasan urutan adalah istilah utama dalam bioinformatika. Ini adalah prosedur di mana urutan DNA, RNA atau protein diatur untuk mengidentifikasi daerah kemiripan yang merupakan konsekuensi dari hubungan fungsional, struktural atau evolusioner antara urutan tersebut. Di akhir perataan, mereka akan disajikan sebagai baris dalam matriks. Untuk menyelaraskan karakter yang identik dalam kolom yang berurutan, celah yang disisipkan ada di antara residu.
