Perbedaan utama antara efek pendiri dan efek bottleneck adalah bahwa efek pendiri terjadi ketika sekelompok kecil dalam populasi terpecah dari populasi asli dan membentuk populasi baru, sedangkan efek bottleneck terjadi ketika populasi berkontraksi secara signifikan menjadi ukuran yang lebih kecil karena bencana alam seperti gempa bumi, banjir dan kebakaran.
Penyimpangan genetik adalah fenomena yang lebih mungkin terjadi pada populasi kecil dan lebih tidak mungkin terjadi pada populasi besar. Pada dasarnya, ini terjadi karena perubahan acak pada frekuensi alel, yang dapat menyebabkan hilangnya beberapa gen dari populasi kecil. Akhirnya penyimpangan genetik menyebabkan lebih sedikit keragaman dan variasi genetik dalam populasi. itu juga menyebabkan lenyapnya beberapa varian gen sama sekali dari populasi. Selain itu, dapat menyebabkan beberapa alel langka menjadi lebih sering daripada sebelumnya dan bahkan tetap. Ada dua jenis penyimpangan genetik sebagai efek bottleneck dan efek pendiri. Mereka menyebabkan pengurangan populasi yang ekstrim.
