Perbedaan utama antara efek pendiri dan penyimpangan genetik adalah bahwa efek pendiri adalah peristiwa penyimpangan genetik di mana sekelompok kecil memisahkan diri dari populasi utama untuk membentuk koloni sementara penyimpangan genetik mengacu pada perubahan acak frekuensi alel dalam populasi kecil yang menyebabkan hilangnya gen tertentu seiring waktu.
Evolusi adalah proses yang menjelaskan perubahan ciri-ciri organisme selama beberapa generasi. Evolusi bergantung pada seleksi alam dan pergeseran genetik. Karena seleksi alam, karakteristik yang menguntungkan tetap ada dalam populasi sementara karakteristik yang tidak menguntungkan berkurang dari populasi seiring waktu. Demikian pula, penyimpangan genetik menyebabkan perubahan acak pada frekuensi alel dalam populasi kecil, karena kemungkinan hilangnya gen tertentu karena mati atau menghindari reproduksi. Efek pendiri dan efek bottleneck adalah dua peristiwa penyimpangan genetik.
