Perbedaan utama antara patofisiologi dan patogenesis adalah bahwa patofisiologi menjelaskan kondisi yang biasanya diamati selama keadaan penyakit serta proses atau mekanisme yang bekerja dalam suatu organisme, sementara patogenesis menjelaskan asal dan perkembangan penyakit dan apakah penyakit tersebut akut, kronis atau berulang.
Patofisiologi dan patogenesis adalah dua istilah serupa yang digunakan untuk menjelaskan terjadinya penyakit serta mekanisme dan karakteristik terkait. Patofisiologi menyangkut kondisi yang diamati selama keadaan penyakit dan proses yang terjadi dalam suatu organisme. Patogenesis terutama berfokus pada asal dan perkembangan suatu penyakit. Kedua penelitian tersebut penting dalam mendiagnosis penyakit dan mencegah penyebarannya.
