Perbedaan utama antara heterokromatin dan eukromatin adalah bahwa heterokromatin adalah bentuk kromatin yang sangat padat yang umumnya tidak aktif sedangkan eukromatin adalah bentuk kromatin yang dikemas secara longgar yang umumnya aktif.
Kromatin adalah struktur yang menahan untai DNA kromosom. Heterokromatin dan eukromatin adalah dua jenis utama kromatin yang ada di dalam sel. Ada perbedaan antara heterokromatin dan eukromatin dalam hal struktur dan fungsi. Selain itu, mereka juga berbeda dari properti transkripsi dan replikasi.
