Perbedaan utama antara fotosistem 1 dan fotosistem 2 adalah bahwa fotosistem 1 memiliki pusat reaksi yang terdiri dari klorofil, molekul P700 yang menyerap cahaya pada panjang gelombang 700 nm. Di sisi lain, fotosistem II memiliki pusat reaksi yang terdiri dari klorofil sebuah molekul P680 yang menyerap cahaya pada panjang gelombang 680 nm.
Fotosistem adalah kumpulan molekul klorofil, molekul pigmen aksesori, protein dan senyawa organik kecil. Ada dua fotosistem utama; fotosistem I (PS I) dan fotosistem II (PS II), hadir dalam membran tilakoid kloroplas pada tumbuhan. Keduanya melakukan reaksi terang fotosintesis. Oleh karena itu, tanaman pada dasarnya membutuhkan kedua fotosistem ini. Itu karena pelepasan elektron dari air membutuhkan lebih banyak energi daripada fotosistem yang diaktifkan cahaya yang dapat saya suplai. Akibatnya, fotosistem II dapat menyerap cahaya dengan panjang gelombang yang lebih pendek (energi yang lebih tinggi) dan terhubung secara tandem ke PS I, memungkinkan aliran elektron non-siklik.
