Perbedaan utama antara Penyakit Paget dan Eksim adalah bahwa penyakit Paget adalah gangguan fokal dari remodeling tulang, dan eksim adalah kondisi peradangan pada kulit yang ditandai dengan kelompok lesi vesikuler dengan tingkat eksudat dan scaling yang bervariasi.
Penyakit Paget terjadi karena adanya mutasi pada gen tertentu seperti faktor nuklir kappa B, sequestosome p62, dan osteoprotegerin. Di sisi lain, eksim terjadi sebagai akibat dari reaksi hipersensitivitas terhadap alergen yang berbeda. Perbedaan patogenesis ini adalah perbedaan utama antara kedua penyakit tersebut.