Perbedaan utama antara klorin bebas dan klorin total adalah bahwa klorin bebas adalah jumlah klorin yang dapat menonaktifkan mikroorganisme patogen yang ada di dalam air sedangkan klorin total adalah jumlah gabungan klorin dan klorin bebas. Nilai klorin bebas selalu lebih rendah dari nilai klorin total.
Klorin gabungan adalah jumlah klor yang bereaksi dengan senyawa yang mengandung nitrogen yang ada di dalam air. Karenanya, klorin ini tidak tersedia untuk proses desinfeksi air. Ini berarti istilah klorin total memberikan jumlah total klorin yang tersedia dan tidak tersedia untuk inaktivasi mikroorganisme patogen (penyebab penyakit) di dalam air.
