Perbedaan utama antara endospora bakteri dan spora jamur adalah organisasi seluler dari dua jenis spora. Endospora bakteri adalah struktur tidak aktif yang terdapat pada bakteri prokariotik. Spora jamur adalah struktur reproduksi yang terdapat pada jamur eukariotik.
Endospora bakteri ada di dalam sel bakteri, dan mereka adalah struktur tidak aktif yang dapat bertahan dalam kondisi lingkungan yang keras. Akibatnya, endospora ini berkecambah ketika kondisi lingkungan yang sesuai terpenuhi. Sebaliknya, spora jamur adalah eksospora yang dilepaskan ke luar untuk sporulasi.
