Perbedaan utama antara primer dan promotor adalah primer adalah urutan DNA pendek yang disintesis secara komersial yang digunakan dalam PCR untuk amplifikasi urutan DNA target sementara promotor adalah urutan DNA spesifik yang menyediakan tempat pengikatan awal yang aman untuk RNA polimerase dan faktor transkripsi di untuk memulai transkripsi.
Primer dan promotor adalah dua jenis urutan DNA. Primer adalah fragmen kecil DNA yang dibutuhkan untuk polymerase chain reaction (PCR). Ia memiliki urutan nukleotida pendek yang melengkapi ujung untai DNA yang mengapit. Ada dua jenis primer, dan mereka bekerja sebagai titik awal untuk sintesis untai DNA baru. Sebaliknya, promotor adalah sekuens DNA spesifik yang terletak di hulu ke tempat inisiasi transkripsi suatu gen. Ini berinteraksi langsung dengan komponen mekanisme transkripsi seperti RNA polimerase dan faktor transkripsi untuk mengontrol transkripsi DNA. Oleh karena itu, RNA polimerase dan faktor transkripsi lainnya mengikat urutan promotor dan memulai transkripsi.
