Perbedaan Utama - Primer PCR vs Primer Pengurutan
Dengan perkembangan terkini di bidang biologi molekuler, teknik genetik yang berbeda dikembangkan yang membuat proses penyelidikan dari berbagai jalan subjek menjadi mudah dan akurat. PCR dan prosedur pengurutan lainnya adalah dua teknik penting seperti itu. Mereka menggunakan subkomponen yang berbeda. Primer dianggap sebagai sub-komponen utama yang umum untuk teknik PCR dan Pengurutan. Primer PCR digunakan untuk amplifikasi sekuens DNA tertentu sementara primer sekuensing digunakan dalam konteks sekuensing fragmen DNA dengan maksud untuk mengungkap urutan spesifik sekuens nukleotida. Inilah perbedaan utama antara primer PCR dan primer sekuensing.
ISI
1. Gambaran Umum dan Perbedaan Utama
2. Apa itu Primer PCR
3. Apa itu Primer Pengurutan
4. Persamaan Antara Primer PCR dan Primer Sekuensing
5. Perbandingan Berdampingan - Primer PCR vs Primer Urutan dalam Bentuk Tabular
6. Ringkasan
Apa itu PCR Primer?
Polymerase Chain Reaction (PCR) adalah teknik genetik yang digunakan dalam bidang biologi molekuler untuk memperkuat satu atau beberapa salinan dari segmen DNA tertentu dan untuk mendapatkan jutaan salinan identik. Dalam reaksi PCR, berbagai komponen digunakan termasuk primer. Primer adalah untaian DNA pendek dengan panjang nukleotida 18-25 sehingga cocok dengan daerah awal dan akhir fragmen DNA yang akan diamplifikasi. Primer dapat berupa primer maju dan primer mundur. Primer ini mengikat fragmen DNA pada titik-titik tertentu di mana ia membuat DNA polimerase mengikat primer spesifik di lokasi dan memulai sintesis untai DNA baru.
Pemilihan primer merupakan aspek penting dari proses PCR. Pemilihan panjang primer itu penting. Panjang idealnya adalah 18-25 nukleotida. Jika panjangnya terlalu pendek atau terlalu panjang, primer tidak akan mengikat urutan DNA untuk diamplifikasi secara akurat. Primer yang panjangnya terlalu pendek menyebabkan anil primer non-spesifik di berbagai lokasi sekuens DNA.
Gambar 01: Primer PCR
Kandungan Guanin dan Sitosin (GC) dalam primer yang baik harus berkisar antara 40-60. Suhu anil primer dan suhu leleh merupakan faktor penting selama PCR. Suhu leleh harus dihitung secara akurat, dan suhu anil primer harus 5 0 C kurang dari suhu leleh. Suhu leleh harus 60 ° C dan 75 ° C. Temperatur yang terlalu tinggi atau terlalu rendah akan mengakibatkan aktivitas DNA polimerase kurang aktif.
Apa itu Sequencing Primers?
Pengurutan primer digunakan dalam konteks pengurutan fragmen DNA dengan tujuan mengungkapkan identitas spesifiknya. Untuk mendapatkan hasil pengurutan yang baik, primer dan templat berkualitas tinggi sangatlah penting. Jadi, ketika primer dipilih, primer harus unik untuk wilayah tertentu di mana kita ingin urutan. Itu juga harus dengan orientasi yang benar di mana urutan biasanya dihasilkan dari ujung 3 'hingga 5' dari primer. Urutannya harus kekurangan hibridisasi diri yang tidak diinginkan seperti pembentukan loop jepit rambut. Seharusnya tidak mengandung pembentukan basis Guanin yang berurutan.
Suhu leleh (Tm) primer harus sesuai dengan kondisi sekuensing. Oleh karena itu, harus berada di antara 52 o C dan 74 o C. Preparasi oligonukleotida yang akan digunakan sebagai primer harus dimurnikan untuk mendapatkan urutan panjang penuh yang diinginkan. Jika oligonukleotida mengandung pengotor, pensinyalan urutan primer akan ditumpangkan dari situs priming yang berbeda, dan itu juga akan menurunkan jumlah sel basa.
Gambar 02: Mengurutkan Primer
Suhu leleh primer (Tm) dari oligonukleotida menentukan, seberapa kuat untaian DNA pelengkap dihibridisasi satu sama lain. Tm dapat dianggap sebagai kalkulasi termodinamika yang bergantung pada urutan DNA dan beberapa kondisi seperti konsentrasi garam. Tm penting selama PCR di mana varian yang disebut urutan siklus digunakan untuk menghasilkan sekelompok fragmen yang diakhiri dengan dideoksinukleotida. Di sini, primer yang diurutkan awalnya akan dianil secara bergantian, kemudian diperpanjang dan terakhir didenaturasi untuk amplifikasi. Oleh karena itu, nilai Tm harus berada di antara 52 o C dan 74 oC. Oligonukleotida hasil sintesis dapat diperoleh dari laboratorium sintesis DNA / RNA sesuai pilihan. Skala kecil sintesis yang digunakan untuk sekuensing DNA biasanya 50 nmol. Juga yang terpenting primer yang digunakan untuk sekuensing harus dimurnikan agar bebas dari kotoran yang akan mencegah penurunan kualitas.
Apa Persamaan Antara PCR Primer dan Sequencing Primer?
- Baik Primer PCR dan Primer Sekuensing adalah primer yang digunakan dalam proses amplifikasi urutan DNA yang ditargetkan.
- Baik Primer PCR dan Primer Pengurutan terdiri dari nukleotida.
- Baik PCR Primer dan Sequencing Primer adalah oligomer pendek.
Apa Perbedaan Antara PCR Primer dan Sequencing Primer?
Artikel Diff Tengah sebelum Tabel
PCR Primer vs Sequencing Primer |
|
| Primer PCR adalah untaian DNA pendek dengan panjang urutan nukleotida 18-25 sehingga cocok dengan daerah awal dan akhir dari fragmen DNA yang akan diamplifikasi. | Primer pengurutan adalah oligomer pendek yang digunakan dalam konteks pengurutan fragmen DNA dengan tujuan mengungkapkan identitas spesifiknya. |
| Fungsi | |
| Primer PCR digunakan untuk amplifikasi urutan DNA tertentu. | Pengurutan primer digunakan dalam konteks pengurutan fragmen DNA dengan tujuan mengungkapkan identitas spesifiknya. |
| Jumlah primer yang dibutuhkan | |
| Dua primer; satu primer maju dan satu primer mundur digunakan sebagai primer PCR. | Hanya membutuhkan satu primer sebagai primer sekuensing. |
Ringkasan - Primer PCR vs Primer Pengurutan
Pengurutan primer digunakan dalam konteks pengurutan fragmen DNA dengan tujuan mengungkapkan identitas spesifiknya. Satu primer pengurutan sudah cukup untuk menjalankan proses. Untuk mendapatkan hasil pengurutan yang baik, primer dan template berkualitas tinggi sangatlah penting. Jadi, ketika primer dipilih, primer harus unik untuk wilayah tertentu di mana kita ingin urutan. Primer PCR adalah untaian DNA pendek dengan panjang nukleotida 18-25 yang kompatibel dengan daerah awal dan akhir dari fragmen DNA yang akan diamplifikasi. Primer PCR dapat menjadi primer maju dan primer mundur. Kandungan Guanin dan Sitosin (GC) di primer yang baik harus berkisar antara 40-60. Suhu anil primer dan suhu leleh merupakan aspek penting selama PCR. Inilah perbedaan antara primer PCR dan primer Pengurutan.
