Perbedaan utama antara amonium kuaterner dan amonia adalah bahwa molekul amonia kuaterner memiliki atom nitrogen pusat yang terikat pada empat gugus alkil sedangkan molekul amonia mengandung satu pusat nitrogen yang terikat pada tiga atom hidrogen.
Amonium kuarterner adalah kation yang diturunkan dari molekul amonia normal. Di sini, tiga atom hidrogen dari molekul amonia diganti dengan gugus alkil yang serupa atau berbeda, dan ada gugus alkil ekstra yang terikat pada atom nitrogen melalui pasangan elektron bebasnya.
