Perbedaan utama antara kongener dan isomer adalah bahwa kongen mengacu pada senyawa kimia yang memiliki struktur dan sifat serupa. Sedangkan isomer adalah molekul yang memiliki rumus kimia yang sama tetapi strukturnya berbeda.
Istilah kongener dan isomer mengacu pada kelompok senyawa yang dikelompokkan menurut kesamaannya. Istilah congener mungkin memiliki pengertian yang berbeda-beda, tetapi dalam ilmu kimia, kita kebanyakan menggunakan pengertian yang menyatakan congener adalah senyawa kimia yang mempunyai struktur dan sifat yang mirip. Isomer, di sisi lain, adalah senyawa yang memiliki struktur berbeda tetapi komposisi atomnya serupa; karena itu, mereka juga memiliki sifat yang berbeda.
