Perbedaan utama antara endosimbiosis dan simbiosis adalah bahwa endosimbiosis adalah teori yang menjelaskan bagaimana mitokondria dan kloroplas memasuki sel eukariotik sementara simbiosis adalah interaksi jangka panjang yang ada antara dua spesies hidup yang berbeda.
Organisme dalam ekosistem berinteraksi satu sama lain dengan cara yang berbeda. Simbiosis adalah interaksi yang terjadi antara dua spesies berbeda yang hidup bersama. Beberapa interaksi menguntungkan kedua belah pihak, sementara beberapa interaksi tetap netral. Namun, beberapa interaksi lain berbahaya bagi satu pihak, terutama bagi organisme inang, sementara pihak lain menerima keuntungan dengan mengorbankan inang. Kita bisa melihat semua jenis interaksi ini dalam suatu ekosistem. Namun, interaksi semacam ini sangat penting untuk stabilitas ekosistem. Endosimbiosis, di sisi lain, adalah teori yang menjelaskan asal mula sel eukariotik dari sel prokariotik.
