Perbedaan utama antara endosimbiosis dan invaginasi adalah bahwa endosimbiosis adalah teori yang menjelaskan asal mula mitokondria dan kloroplas di dalam sel eukariotik sedangkan invaginasi adalah proses yang menjelaskan asal mula nukleus dan organel sel lainnya melalui pembentukan invaginasi dari plasma. membran ke interior sel.
Para ilmuwan percaya bahwa sel eukariotik telah berevolusi dari sel prokariotik. Mereka telah mengembangkan banyak teori untuk menjelaskan bagaimana evolusi ini terjadi. Endosimbiosis adalah salah satu teori yang menjelaskan asal mula mitokondria dan kloroplas di dalam sel eukariotik dari bakteri prokariotik. Sedangkan invaginasi adalah proses yang menjelaskan asal mula nukleus dan organel lain yang terikat membran di dalam sel eukariotik.
