Perbedaan utama antara kembaran embrio buatan dan transfer inti sel somatik adalah bahwa kembaran embrio buatan adalah teknik di mana pemisahan sel telur yang dibuahi menjadi dua embrio identik secara genetik terjadi dalam kondisi in vitro sementara transfer inti sel somatik adalah teknik di mana penyisipan inti sel somatik menjadi sel telur yang dienukleasi terjadi dalam kondisi in vitro.
Kloning molekuler merupakan teknik penting dalam menghasilkan organisme rekombinan dengan karakter yang lebih baik. Kembaran embrio buatan dan transfer inti sel somatik adalah dua teknik yang digunakan dalam kondisi in vitro untuk tujuan menciptakan klon untuk tujuan reproduksi dan terapeutik. Namun, ada perbedaan antara kembaran embrio buatan dan transfer inti sel somatik dalam hal metode kloningnya.