Perbedaan utama antara jarak genetik dan jarak fisik adalah jenis urutan yang digunakan dalam menganalisis jarak antara dua populasi dari spesies yang sama. Jarak genetik mengukur perbedaan genetik antar spesies atau antar populasi dalam suatu spesies sedangkan jarak fisik mengukur jumlah nukleotida antara dua penanda.
Jarak genetik dan jarak fisik memberikan wawasan tentang hubungan evolusi antara dua populasi suatu spesies. Oleh karena itu, peta jarak menyediakan keterkaitan populasi berdasarkan data genetik. Pengurutan genom dan analisis bioinformatika memainkan peran penting dalam menentukan jarak genetik dan fisik.
