Perbedaan utama antara opsonisasi dan netralisasi bergantung pada cara mereka melakukan respons imunologis. Dalam opsonisasi, patogen ditandai sebelum dimusnahkan sedangkan dalam netralisasi, efek patogen dinetralkan.
Respons imunologis dapat bersifat bawaan atau adaptif. Patogen memiliki reseptor pengenalan patogen, yang membuatnya lebih mudah untuk diidentifikasi oleh inang. Dalam opsonisasi, tuan rumah menghasilkan opsonin. Namun, dalam netralisasi, inang menghasilkan antibodi penawar untuk menetralkan efek reaksi antibodi-antigen.
