Perbedaan utama antara fagositosis dan opsonisasi adalah bahwa fagositosis adalah mekanisme yang dijalankan oleh sel atau organisme tertentu untuk menelan atau menelan partikel asing sementara opsonisasi adalah proses di mana patogen dikeluarkan dari sistem setelah ditandai dengan opsonin.
Respons imunologis dapat bersifat bawaan atau adaptif. Patogen memiliki reseptor pengenal patogen yang membuatnya lebih mudah untuk diidentifikasi oleh inang. Opsonisasi dan fagositosis adalah dua respons imunologis. Dalam opsonisasi, tuan rumah mengidentifikasi dan menandai partikel penyerang untuk dihancurkan oleh produksi opsonin. Fagositosis adalah mekanisme di mana sel-sel kekebalan tertentu menelan dan menghancurkan partikel yang menyerang atau partikel asing dari tubuh.