Perbedaan utama antara E. coli dan Klebsiella adalah bahwa E. coli adalah bakteri berbentuk batang gram negatif yang motil sedangkan Klebsiella adalah genus bakteri berbentuk batang gram negatif yang tidak motil.
Escherichia dan Klebsiella adalah dua genera umum bakteri coliform. Kedua genera tersebut terdiri dari bakteri gram negatif, berbentuk batang, non-spora. E. coli adalah spesies Escherichia. Ini adalah bakteri coliform feses motil. Baik bakteri E. coli dan Klebsiella termasuk dalam famili Enterobacteriaceae. Mereka adalah bagian dari flora normal di usus kita. Selain itu, mereka adalah anaerob fakultatif. Keduanya umumnya tidak berbahaya, tetapi menjadi patogen oportunistik manusia dalam situasi tertentu.
