Perbedaan utama antara E. coli dan Pseudomonas aeruginosa adalah bahwa E. coli adalah spesies bakteri anaerob fakultatif yang termasuk dalam famili Enterobacteriaceae dan genus Escherichia, sedangkan P. aeruginosa adalah spesies bakteri aerobik yang termasuk dalam famili Pseudomonadadaceae dan genus Pseudomonas.
Baik E. coli dan Pseudomonas aeruginosa adalah bakteri gram negatif, berbentuk batang dan motil. Selanjutnya, mereka adalah bakteri yang dienkapsulasi. Namun E. coli adalah salah satu spesies dari genus Escherichia sedangkan P. aeruginosa adalah spesies dari genus Pseudomonas.
