Perbedaan utama antara alfa dan beta heliks bergantung pada jenis ikatan Hidrogen yang mereka bentuk dalam mengembangkan struktur ini. Heliks alfa membentuk ikatan hidrogen intra-molekul sedangkan heliks beta membentuk ikatan hidrogen antar molekul.
Protein kompleks memiliki empat tingkat organisasi struktural - primer, sekunder, tersier dan kuaterner. Struktur sekunder protein membentuk rantai peptida dalam orientasi berbeda. Rantai peptida terdiri dari urutan asam amino yang diikat oleh ikatan peptida. Oleh karena itu, terdapat dua struktur sekunder utama pada protein yaitu alfa heliks dan beta heliks. Selain itu, ada struktur sekunder lain yang disebut struktur beta turn dan hairpin. Terutama, artikel ini berfokus pada perbedaan antara alfa dan beta heliks.