Perbedaan utama antara fucoidan dan fucoxanthin adalah bahwa fucoidan adalah polisakarida sulfat yang mengandung fucose yang ada di berbagai spesies alga coklat dan rumput laut coklat, sedangkan fucoxanthin adalah xanthophyll yang hadir sebagai pigmen aksesori dalam kloroplas alga coklat dan heterokont lainnya.
Ekosistem laut terdiri dari flora dan fauna. Mereka memiliki keanekaragaman spesies yang tinggi. Apalagi spesies ini mengandung senyawa berbeda yang bermanfaat bagi manusia. Biomolekul yang diekstraksi dari spesies ini di ekosistem laut mengandung potensi terapeutik yang berbeda. Fucoidan dan fucoxanthin adalah dua senyawa yang ada di ekosistem laut, terutama pada alga coklat. Meskipun mereka berbeda secara kimiawi, kedua senyawa tersebut saat ini digunakan untuk tujuan penelitian yang berbeda untuk mengidentifikasi potensi mereka sebagai terapi.
