Perbedaan utama antara Pepsin dan Protease adalah pepsin adalah salah satu jenis protease sedangkan protease adalah enzim yang memecah protein menjadi asam amino.
Protein adalah makromolekul penting yang terbuat dari asam amino berbeda. Asam amino adalah bahan pembangun protein, dan mereka berpolimerisasi menjadi protein dengan ikatan amida. Beberapa enzim dapat memecah protein menjadi asam amino, dan mereka dikenal sebagai protease. Ada berbagai jenis protease yang berbeda menurut mekanisme hidrolisis. Diantaranya, pepsin, yang merupakan protease lambung adalah salah satu jenisnya.