Perbedaan utama antara Badan Golgi dan Mitokondria terletak pada fungsi yang mereka lakukan. Fungsi utama badan Golgi (atau badan Golgi) adalah modifikasi, pemilahan, dan pengemasan protein untuk sekresi sedangkan fungsi utama mitokondria adalah produksi mata uang energi sel (ATP) melalui respirasi.
Sel eukariotik mengandung organel seluler seperti badan Golgi, mitokondria, lisosom, ribosom, nukleus, dll. Ini adalah organel penting yang diperlukan untuk fungsi seluler. Badan golgi adalah bagian dari sistem endomembran yang terdiri dari vesikula dan membran terlipat sedangkan Mitokondria adalah organel berbentuk kacang yang terikat membran ganda yang ditemukan di sel eukariotik.