Perbedaan utama antara asetil KoA dan asil KoA adalah asetil KoA (atau asetil Koenzim A) membantu dalam metabolisme protein, karbohidrat, dan lipid sedangkan asil CoA (atau asil Koenzim A) membantu dalam metabolisme asam lemak.
Asetil KoA sangat berguna dalam mengirimkan gugus asetil ke siklus Krebs untuk produksi energi. Gugus asetil adalah gugus fungsi yang memiliki rumus kimia -C (O) CH 3. Gugus asil juga merupakan gugus fungsi yang memiliki rumus kimia –C (O) R dimana gugus R adalah rantai samping asam lemak. Ini berguna dalam produksi energi melalui pengubahan menjadi asetil KoA.
