Perbedaan Kunci - Ligasi Ujung Tumpul vs Lengket
Endonuklease restriksi adalah enzim spesifik yang memotong DNA untai ganda (dsDNA). Mereka juga dikenal sebagai gunting molekuler dalam biologi molekuler. Enzim restriksi mampu mengenali urutan pendek spesifik dari dsDNA yang dikenal sebagai situs pengenalan dan membelah ikatan fosfodiester dan hidrogen untuk membuka untaian ganda. Akibat pembelahan enzim ini, fragmen DNA diproduksi dengan berbagai jenis ujung seperti ujung lengket dan ujung tumpul. DNA ligase adalah enzim yang digunakan dalam biologi molekuler untuk menggabungkan dua untai DNA yang berdekatan dengan membentuk ikatan baru. Langkah ini dikenal sebagai ligasi dan sesuai dengan jenis ujung DNA yang diikat, mereka dapat disebut sebagai ligasi ujung tumpul dan ligasi ujung lengket. Perbedaan utama antara ligasi ujung tumpul dan lengket adalah bahwa ligasi ujung tumpul terjadi antara fragmen DNA yang mengandung dua ujung tumpul sedangkan ligasi ujung lengket terjadi antara overhang 5 'dan 3'. Dibandingkan dengan ligasi ujung tumpul, ligasi ujung lengket lebih efisien dan stabil.
DAFTAR ISI
1. Gambaran Umum dan Perbedaan Utama
2. Apa itu Ligasi Ujung Tumpul
3. Apa itu Ligasi Ujung Lengket
4. Perbandingan Berdampingan - Ligasi Ujung Tumpul vs Ligasi
5. Ringkasan
Apa itu Ligasi Ujung Tumpul?
Beberapa restriksi endonuklease dapat memotong DNA di basa yang berlawanan dan menghasilkan fragmen DNA ujung tumpul. Enzim ini dikenal sebagai pemotong ujung tumpul; mereka membelah langsung ke tengah situs pembatasan tanpa meninggalkan pangkalan yang menjorok. Ujung tumpul juga dikenal sebagai ujung yang tidak menjorok karena tidak memiliki basis yang menjorok 3 'dan 5' di ujungnya. Kedua untai berakhir dari pasangan basa di ujung tumpul. Enzim pemotongan ujung tumpul yang umum adalah EcoRV HaeIII, AluI dan SmaI.
Ligasi ujung tumpul dilakukan di antara dua ujung tumpul. Ini bukan ligasi pangkalan yang menonjol. Ligasi ini kurang efisien dibandingkan ligasi ujung lengket. Namun, dalam beberapa kesempatan, ligasi ujung tumpul menjadi lebih menguntungkan daripada ligasi ujung lengket, terutama saat mengikat produk PCR. Produk PCR selalu diproduksi dengan ujung tumpul. Ligasi ujung tumpul tidak membutuhkan ujung komplementer dalam DNA untuk ligasi.
Gambar 01: Produksi ujung tumpul oleh enzim Eco RV
Apa itu Ligasi Ujung Lengket?
Beberapa endonuklease restriksi mampu memotong dsDNA, meninggalkan sepotong DNA untai tunggal yang menggantung di ujungnya. Ujung ini dikenal sebagai ujung lengket atau menjorok. Ligasi ujung lengket terjadi antara dua fragmen DNA yang mengandung overhang yang cocok karena ujung lengket memiliki basa yang tidak berpasangan dan membutuhkan basa komplementer untuk membentuk ikatan. Oleh karena itu, perlu menggunakan enzim restriksi yang sama untuk kedua sumber DNA untuk menghasilkan fragmen pengikat yang cocok.
Ligasi ujung lengket lebih efisien dan seringkali sangat diinginkan dalam proses kloning. Ada beberapa enzim restriksi yang menghasilkan ujung lengket. Mereka adalah EcoRI, BamHI, HindIII dll.
Gambar 02: Produksi ujung lengket oleh enzim Eco RI
Apa perbedaan antara Blunt dan Sticky End Ligation?
Artikel Diff Tengah sebelum Tabel
Ligasi Ujung tumpul vs Lengket |
|
| Ligasi ujung tumpul terjadi di antara dua fragmen DNA ujung tumpul. | Ligasi ujung lengket terjadi antara dua fragmen DNA yang cocok dengan ujung lengket. |
| Enzim | |
| Pemotong ujung tumpul menghasilkan ujung tumpul. | Pemotong ujung yang lengket menghasilkan ujung yang lengket atau kohesif. |
| Persyaratan Akhir Pencocokan | |
| Ini tidak membutuhkan fragmen yang cocok atau basis komplementer. | Ini membutuhkan basa pelengkap di ujung untuk membentuk pasangan basa. |
| Efisiensi | |
| Ini kurang efisien dibandingkan ligasi ujung lengket | Ini lebih efisien daripada ligasi ujung tumpul. |
Ringkasan - Ligasi Ujung tumpul vs Lengket
Endonuklease restriksi mampu membelah dsDNA dan menghasilkan fragmen DNA dengan ujung yang berbeda. Mereka mengenali urutan tertentu dan membatasi DNA yang membuat ujung lengket dan tumpul. Ujung lengket memiliki basis yang tidak berpasangan di ujung fragmen. Ujung tumpul dibuat karena belahan lurus dan memiliki pasangan basa di ujungnya. Ligasi ujung lengket membutuhkan dua potongan DNA untai tunggal yang saling melengkapi. Ligasi ujung tumpul terjadi di antara dua fragmen ujung tumpul. Inilah perbedaan antara ligasi tumpul dan lengket.
