Perbedaan utama antara pencernaan protein di lambung dan usus kecil adalah bahwa pencernaan protein di lambung dilakukan oleh pepsin dan asam klorida sedangkan pencernaan protein di usus kecil terjadi oleh tripsin dan kimotripsin yang disekresikan oleh pankreas.
Makanan yang kita konsumsi tunduk pada pencernaan kimiawi dan mekanis dalam sistem pencernaan. Setelah makanan dicerna, nutrisi diserap ke dalam aliran darah kita melalui usus kecil. Pencernaan protein terjadi dalam dua tahap: di perut dan di bagian pertama usus kecil (duodenum) oleh protease. Di perut, pepsin memecah protein menjadi asam amino dan oligopeptida. Pencernaan lebih lanjut oligopeptida menjadi asam amino, dipeptida dan tripeptida terjadi di usus kecil oleh enzim pankreas.
