Perbedaan utama antara genomik struktural dan fungsional adalah bahwa genomik struktural adalah studi tentang sifat fisik genom, termasuk sekuensing dan pemetaan genom sedangkan genomik fungsional adalah studi tentang ekspresi dan fungsi genom.
Genomik adalah bidang biologi yang menyangkut struktur, organisasi, fungsi, evolusi dan pemetaan genom organisme hidup. Ini juga mencakup pengurutan genom, penentuan set lengkap protein yang dikodekan oleh suatu organisme, dan fungsi gen dan jalur metabolisme dalam suatu organisme. Dengan kata sederhana, genomik adalah studi skala besar dari sekelompok gen. Oleh karena itu, penelitian dilakukan pada tingkat genom. Genomik struktural dan genomik fungsional adalah dua cabang utama genomik. Genomik struktural berfokus pada karakterisasi dan menyediakan lokasi untuk seluruh rangkaian gen dalam genom. Sebaliknya, genomik fungsional berfokus pada fungsi dan properti.
