Perbedaan utama antara vaksin polisakarida dan konjugasi adalah bahwa vaksin polisakarida hanya mengandung polisakarida bebas sebagai antigen sedangkan vaksin terkonjugasi mengandung polisakarida yang digabungkan dengan molekul protein.
Vaksin polisakarida dan konjugasi adalah dua jenis vaksin. Vaksin polisakarida hanya mengandung kapsul polisakarida sebagai antigen untuk menstimulasi respon imun. Oleh karena itu, mereka menyebabkan respon imun yang dapat diabaikan dibandingkan dengan vaksin konjugasi. Vaksin konjugasi mengandung polisakarida yang terkonjugasi dengan protein imunogenik. Oleh karena itu, mereka memprovokasi respons imun yang lebih kuat. Selain itu, vaksin terkonjugasi membentuk memori sel B dan imunisasi jangka panjang. Saat ini, vaksin terkonjugasi telah banyak menggantikan vaksin polisakarida.