Perbedaan utama antara filtrasi gel dan kromatografi permeasi gel adalah bahwa fase gerak kromatografi filtrasi gel adalah larutan air sedangkan fase gerak kromatografi permeasi gel adalah pelarut organik.
Baik filtrasi gel dan kromatografi permeasi gel termasuk dalam kategori kromatografi pengecualian ukuran di mana kita dapat memisahkan molekul dalam larutan tergantung pada ukurannya. Artinya, terkadang, kita dapat memisahkan molekul sesuai dengan berat molekulnya. Biasanya, kami menggunakan teknik ini untuk memisahkan molekul kompleks seperti protein dan dalam skala industri, untuk memisahkan bahan polimer. Perbedaan utama antara filtrasi gel dan kromatografi permeasi gel terletak pada fase gerak yang kami gunakan di setiap teknik.