Perbedaan utama antara heterozigot majemuk dan heterozigot ganda adalah bahwa heterozigot majemuk adalah individu yang memiliki dua alel bermutasi berbeda pada lokus gen tertentu sedangkan heterozigot ganda adalah individu yang heterozigot pada dua lokus genetik yang terpisah.
Umumnya, gen memiliki dua alel karena organisme diploid. Alel adalah bentuk varian dari suatu gen. Mereka berada di lokus genetik kromosom. Ada alel dominan serta alel resesif. Jika seorang individu memiliki dua alel yang berbeda (satu dominan dan satu resesif (Aa)) untuk lokus, kita menyebutnya heterozigot. Kondisi memiliki dua alel yang berbeda untuk suatu gen disebut keadaan heterozigot. Heterozigot majemuk dan heterozigot ganda adalah dua jenis situasi heterozigot. Heterozigot majemuk memiliki dua alel bermutasi yang berbeda pada lokus gen tertentu. Heterozigot ganda adalah heterozigot pada dua lokus gen.
