Perbedaan utama antara histopatologi dan sitologi adalah bahwa histopatologi adalah studi tentang jaringan yang sakit menggunakan mikroskop, sedangkan sitologi adalah studi tentang sel-sel tubuh.
Sel adalah unit struktural dasar kehidupan. Selama diagnosis penyakit dalam pengobatan, sel dan seluruh jaringan diperiksa oleh ahli patologi. Studi tentang jaringan dalam kaitannya dengan penyakit dikenal sebagai histopatologi. Sebaliknya, studi tentang tipe sel tunggal dikenal sebagai sitologi. Oleh karena itu, histopatologi melihat jaringan sementara sitologi melihat sel-sel individu.