Perbedaan utama antara resonansi dan efek mesomerik adalah bahwa resonansi adalah hasil interaksi antara pasangan elektron bebas dan pasangan elektron ikatan sedangkan efek mesomerik dihasilkan karena adanya gugus substituen atau gugus fungsi.
Dua konsep kimiawi resonansi dan efek mesomerik menentukan struktur kimiawi yang tepat dari sebuah molekul organik. Resonansi muncul dalam molekul yang memiliki pasangan elektron bebas pada salah satu atom dalam molekul tersebut. Efek mesomerik muncul jika suatu molekul memiliki substituen atau gugus fungsi. Kedua fenomena ini biasa terjadi pada molekul organik.
