Perbedaan utama antara variasi antigenik dan fasa adalah bahwa variasi antigenik adalah mekanisme yang mengacu pada ekspresi protein, karbohidrat, atau lipid yang berbeda secara antigen pada permukaannya sedangkan variasi fasa adalah pengaktifan dan penonaktifan ekspresi fenotipe yang dapat dibalik frekuensi tinggi.
Variasi antigenik dan fase adalah dua jenis mekanisme molekuler yang digunakan oleh patogen untuk menghindari respons imun inang. Mereka terkait satu sama lain. Mekanisme ini memungkinkan mikroba, terutama bakteri, untuk beradaptasi dengan lebih dari satu lingkungan. Sebagai hasil dari variasi fase dan antigenik, fenotipe heterogen dari populasi bakteri klonal terbentuk. Dalam populasi ini, sel-sel individu mengekspresikan protein variabel fase atau salah satu dari berbagai bentuk antigenik protein. Variasi ini terutama merupakan strategi virulensi yang dijalankan oleh patogen.
