Perbedaan utama antara tipe V dan tipe F ATPase adalah bahwa tipe V ATPase bekerja sebagai pompa ion yang digerakkan ATP sedangkan tipe F berfungsi sebagai ATP sintase dalam sel.
ATPase adalah istilah yang mengacu pada enzim yang mampu menghidrolisis ATP. Umumnya, ATPase menguraikan ATP dan energi yang dilepaskan selama reaksi digunakan untuk bekerja karena ATP adalah mata uang energi yang menyediakan energi untuk hampir semua proses seluler. Kerusakan ATP membutuhkan ATPase. Oleh karena itu, ATPase menurunkan energi aktivasi hidrolisis ATP. Ada empat jenis utama ATPase sebagai F-ATPases, V-ATPases, A-ATPases dan P-ATPases. ATPase tipe V terutama ditemukan di vakuola sel eukariotik. Sebaliknya, ATPase tipe F ditemukan di membran plasma bakteri, membran dalam mitokondria, dan kloroplas. Mereka mengkatalisis hidrolisis atau sintesis kopling ATP dengan transpor H + (atau Na +) melintasi membran.
